De nombreuses années après la fin de Risen, des titans déchaînés ont dévasté la planète et poussé l'humanité au bord de l’extinction. Ensuite, des créatures monstrueuses sont sorties des abysses et leurs attaques ont mis fin à toute vie marine. Le héros, désormais membre de l’Inquisition, a été envoyé pour tenter de mettre fin au chaos causé par ces créatures des profondeurs. Sa quête commence par des rumeurs prétendant que les pirates des îles du sud sont les seuls à connaître un moyen de se débarrasser une fois pour toutes de ces créatures et de leur régime de terreur.

Avec un tout nouvel environnement basé sur les pirates, Risen 2: Dark Waters combine les mécanismes classiques et plébiscités du RPG du premier Risen avec un thème et un cadre entièrement inédits, composés d’une grande diversité d’îles. Ce jeu de rôle à la troisième personne se déroule dans un univers sombre et réaliste. Risen 2:Dark Waters conserve les éléments les plus immersifs de Risen, comme les approches multiples pour chaque défi, permettant aux joueurs de façonner l'univers du jeu en fonction de leurs décisions. Leurs choix débloqueront de nouvelles voies, fonctionnalités et aptitudes supplémentaires pour le personnage. Avec son environnement très interactif et un cycle jour/nuit complet affectant de nombreux aspects de l'univers du jeu, et Risen 2 sera le RPG le plus immersif à ce jour.