Vuosia Risenin jälkeiseen maailmaan sijoittuvassa jatko-osassa raivokkaat titaanit ovat tuhonneet maailman ja ajaneet ihmiskunnan olemassaolon äärirajoille. Samaan aikaan hirviöt ovat nousseet meren syvyyksistä, ja niiden hyökkäykset ovat pysäyttäneet merenkulun tyystin. Sankari, Inkvisition uusi jäsen, lähetetään selvittämään, kuinka syvyyksien hirviöiden aiheuttamasta kaaoksesta voidaan selvitä. Hänen seikkailunsa alkaa huhuista, jonka mukaan etelän merillä seilaavat merirosvot ovat ainoita, jotka tietävät, kuinka hirviöistä ja niiden aiheuttamasta sekasorrosta päästään kerralla eroon.

Täysin uuden merirosvoteemansa kautta Risen 2: Dark Waters yhdistää alkuperäisen Risenin rakastetun roolipelimekaniikan uuteen teemaan ja ympäristöön, johon kuuluu lukuisia omalaatuisia saaria. Pimeään ja armottomaan maailmaan sijoittuva kolmannen persoonan roolipeli, Risen 2: Dark Waters, säilyttää alkuperäisen Risenin syvimmät ominaisuudet, tarjoten lisäksi useita lähestymistapoja kaikkiin haasteisiin ja sallien pelaajien muovata pelimaailmaa omien päätöstensä perusteella. Pelaajan tekemät valinnat avaavat uusia polkuja, ominaisuuksia ja kykyjä. Pelissä on hyvin interaktiiviset peliympäristöt ja täydellinen vuorokausikulku, joka vaikuttaa lukuisiin pelin ominaisuuksiin – Risen 2 sijoittuu kaikkien aikojen syvimpään roolipelimaailmaan.